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exon 6 of 11) 8513 ENST00000496797.1 -5185 LIPF HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0004806,GO:0004806,GO:0005575,GO:0005576,GO:0005739,GO:0006108,GO:0006641,GO:0008289,GO:0016042,GO:0016615,GO:0043231 hsa00561,hsa01100,hsa04975 chr10 88865807 88866064 258 * Distal Intergenic 57559 ENST00000371927.7 -13670 STAMBPL1 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0004843,GO:0005515,GO:0005768,GO:0005829,GO:0008237,GO:0016020,GO:0016020,GO:0016579,GO:0018215,GO:0046872,GO:0061578,GO:0061578,GO:0070122,GO:0070536 NA chr10 89173173 89173420 248 * Distal Intergenic 9023 ENST00000371852.4 33897 CH25H HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0000254,GO:0001567,GO:0005506,GO:0005515,GO:0005789,GO:0005829,GO:0006629,GO:0006699,GO:0008203,GO:0008395,GO:0016020,GO:0016021,GO:0016126,GO:0016491,GO:0035754 hsa00120 chr10 90269827 90270131 305 * Distal Intergenic 101926942 ENST00000418379.1 270674 LINC02653 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr10 90977357 90977811 455 * Intron (ENST00000692591.1/107984252, intron 1 of 1) 107984252 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exon 1 of 1) 105369469 ENST00000686691.1 64935 LOC105369469 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr11 107222237 107222688 452 * Distal Intergenic 143884 ENST00000462890.1 131042 CWF19L2 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0000398,GO:0005515,GO:0071014 NA chr11 107619990 107620460 471 * Exon (ENST00000527036.1/112267904, exon 3 of 3) 112267904 ENST00000527036.1 28092 112267904 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr11 107694649 107695112 464 * Distal Intergenic 6588 ENST00000305991.3 16944 SLN HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0004857,GO:0005515,GO:0006816,GO:0016021,GO:0016529,GO:0033017,GO:0043086,GO:0043242,GO:0051117,GO:0051924,GO:0070296,GO:0090281,GO:0120162,GO:1901020,GO:1901077,GO:1901877,GO:1901881,GO:1901894 NA chr11 107735103 107735433 331 * Distal Intergenic 6588 ENST00000531293.1 -15410 SLN HCT116 h3k9me2 GSE96231 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105369484 ENST00000663040.1 15820 LOC105369484 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr11 110483527 110483941 415 * Distal Intergenic 2230 ENST00000260270.3 53579 FDX1 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0005506,GO:0005739,GO:0005759,GO:0005759,GO:0006700,GO:0008203,GO:0009055,GO:0016125,GO:0022900,GO:0042446,GO:0044281,GO:0051537,GO:0071320,GO:1904322 NA chr11 11050817 11051494 678 * Intron (ENST00000647635.1/105376550, intron 1 of 6) 105376550 ENST00000647635.1 29934 LINC02752 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr11 11139056 11139426 371 * Intron (ENST00000647635.1/105376550, intron 2 of 6) 105376548 ENST00000702252.1 17113 LOC105376548 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr11 111890459 111891043 585 * Distal Intergenic 91893 ENST00000528274.2 -9216 FDXACB1 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0005515,GO:0005737,GO:0070042,GO:0070475 NA chr11 112492091 112492426 336 * Intron (ENST00000528496.1/101928823, intron 2 of 2) 101928823 ENST00000700968.1 -4161 LINC02763 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr11 11272786 11273007 222 * Intron (ENST00000227756.5/374378, intron 10 of 10) 283106 ENST00000528848.3 80243 CSNK2A3 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA hsa03008,hsa04064,hsa04137,hsa04310,hsa04520,hsa05010,hsa05020,hsa05022,hsa05162,hsa05235 chr11 113055529 113055801 273 * Intron (ENST00000621518.4/4684, intron 2 of 19) 4684 ENST00000525973.5 -74893 NCAM1 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0000139,GO:0000165,GO:0001618,GO:0005515,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005886,GO:0007155,GO:0007411,GO:0009897,GO:0009986,GO:0016020,GO:0016021,GO:0031225,GO:0043005,GO:0046718,GO:0060333,GO:0062023,GO:0071679,GO:2001260 hsa04514,hsa05020 chr11 114346328 114346753 426 * Intron (ENST00000544925.1/ENST00000544925.1, intron 1 of 2) 101928940 ENST00000534904.2 33292 LOC101928940 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr11 11572958 11573410 453 * Intron (ENST00000527726.1/ENST00000527726.1, intron 1 of 1) 107983976 ENST00000526064.1 48348 LOC107983976 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr11 116674465 116674850 386 * Distal Intergenic 101929011 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NA NA chr12 91018958 91019154 197 * Distal Intergenic 1833 ENST00000551767.1 -13932 EPYC HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0005539,GO:0007565,GO:0007605,GO:0031012,GO:0060348,GO:0061975 NA chr12 91056632 91056909 278 * Promoter (1-2kb) 11081 ENST00000266719.4 1115 KERA HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0003674,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005796,GO:0007601,GO:0018146,GO:0031012,GO:0042340,GO:0043202,GO:0050896,GO:0061303 NA chr12 91067006 91067544 539 * Distal Intergenic 11081 ENST00000266719.4 -8982 KERA HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0003674,GO:0005576,GO:0005615,GO:0005796,GO:0007601,GO:0018146,GO:0031012,GO:0042340,GO:0043202,GO:0050896,GO:0061303 NA chr12 91162775 91163120 346 * Intron (ENST00000052754.10/1634, intron 3 of 7) 1634 ENST00000550758.1 -9626 DCN HCT116 H3K9ME2 GSE96231 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(ENST00000549930.1/643339, intron 1 of 2) 643339 ENST00000547432.1 11867 LOC643339 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr12 93359332 93359597 266 * Intron (ENST00000548890.2/643339, intron 1 of 2) 643339 ENST00000549806.1 18111 LOC643339 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr12 93858581 93858877 297 * Intron (ENST00000548483.5/8738, intron 2 of 2) 8738 ENST00000548330.1 9921 CRADD HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0002020,GO:0002020,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0006919,GO:0006977,GO:0006977,GO:0008625,GO:0030674,GO:0042981,GO:0043065,GO:0070513,GO:0071260,GO:0071260,GO:0097190,GO:2001235 NA chr12 95661005 95661334 330 * Intron (ENST00000626376.2/100132594, intron 1 of 1) 100132594 ENST00000552554.1 11750 PGAM1P5 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr12 96162218 96162451 234 * Exon (ENST00000637833.1/105369924, exon 3 of 3) 105369924 ENST00000637833.1 9675 LINC02452 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr12 96300744 96301015 272 * Promoter (2-3kb) 5128 ENST00000553042.1 2110 CDK17 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0000083,GO:0004672,GO:0004693,GO:0005515,GO:0005524,GO:0005634,GO:0005737,GO:0006468,GO:0051726 NA chr12 96501652 96502159 508 * Intron (ENST00000553778.6/144535, intron 2 of 11) 144535 ENST00000524981.9 12075 CFAP54 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0005930,GO:0007283,GO:0030154,GO:0060271,GO:0060271,GO:0060294 NA chr12 977540 977993 454 * Intron (ENST00000430095.6/5893, intron 1 of 11) 5893 ENST00000503602.6 12048 RAD52 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0000724,GO:0000730,GO:0003677,GO:0003697,GO:0005515,GO:0005634,GO:0005634,GO:0005654,GO:0006302,GO:0006310,GO:0006312,GO:0006974,GO:0010792,GO:0032991,GO:0032993,GO:0034599,GO:0042802,GO:0045002,GO:2000819 hsa03440 chr12 98036315 98036560 246 * Distal Intergenic 100422924 ENST00000581299.1 -40867 MIR4303 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr13 101073135 101073532 398 * Intron (ENST00000251127.11/259232, intron 37 of 43) 259232 ENST00000467264.2 102798 NALCN HCT116 H3K9ME2 GSE96231 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4 of 4) 105370994 ENST00000659107.1 14363 105370994 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr15 95273495 95273952 458 * Exon (ENST00000555332.7/400456, exon 4 of 4) 145820 ENST00000650234.1 -52576 LINC00924 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr15 95553424 95553688 265 * Distal Intergenic 105370993 ENST00000668885.1 -59581 LOC105370993 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr15 95723795 95724119 325 * Intron (ENST00000661571.1/ENST00000661571.1, intron 1 of 2) 105370993 ENST00000668885.1 -229952 LOC105370993 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr15 95789854 95790112 259 * Intron (ENST00000612595.2/ENST00000612595.2, intron 2 of 2) 112268156 ENST00000619812.1 -200470 LOC112268156 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr15 95794102 95794555 454 * Intron (ENST00000612595.2/ENST00000612595.2, intron 2 of 2) 112268156 ENST00000619812.1 -196027 LOC112268156 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr15 95887437 95887975 539 * Distal Intergenic 112268156 ENST00000619812.1 -102607 LOC112268156 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr15 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(ENST00000448328.6/2917, intron 3 of 4) 2917 ENST00000656900.1 16276 GRM7 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0001640,GO:0001642,GO:0001642,GO:0001662,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0005938,GO:0007186,GO:0007196,GO:0007216,GO:0007268,GO:0007605,GO:0008066,GO:0010855,GO:0014050,GO:0016021,GO:0030424,GO:0030425,GO:0031279,GO:0032279,GO:0043198,GO:0043235,GO:0045211,GO:0048786,GO:0051966,GO:0070905 hsa04072,hsa04080,hsa04724 chr3 7396354 7396700 347 * Intron (ENST00000467425.5/2917, intron 4 of 12) 2917 ENST00000445087.1 -6350 GRM7 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0001640,GO:0001642,GO:0001642,GO:0001662,GO:0005886,GO:0005887,GO:0005887,GO:0005938,GO:0007186,GO:0007196,GO:0007216,GO:0007268,GO:0007605,GO:0008066,GO:0010855,GO:0014050,GO:0016021,GO:0030424,GO:0030425,GO:0031279,GO:0032279,GO:0043198,GO:0043235,GO:0045211,GO:0048786,GO:0051966,GO:0070905 hsa04072,hsa04080,hsa04724 chr3 7853181 7853535 355 * Distal Intergenic 101927394 ENST00000441861.5 162772 LOC101927394 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr3 8119169 8119409 241 * Intron (ENST00000649560.2/ENST00000649560.2, intron 7 of 9) 101927394 ENST00000441861.5 -102862 LOC101927394 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr3 94014883 94015286 404 * 5 UTR 415117 ENST00000315099.3 13311 415117 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr3 98100787 98101146 360 * Exon (ENST00000642086.1/ENST00000642086.1, exon 1 of 2) 81050 ENST00000358642.2 13614 81050 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr3 99006232 99006478 247 * Intron (ENST00000474798.1/105374002, intron 2 of 3) 105374003 ENST00000473756.1 25174 105374003 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr3 99010287 99010687 401 * Intron (ENST00000474798.1/105374002, intron 2 of 3) 105374003 ENST00000473756.1 29229 105374003 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr3 99202031 99202351 321 * Distal Intergenic 105374003 ENST00000473756.1 220973 105374003 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr3 99228040 99228299 260 * Distal Intergenic 105374003 ENST00000473756.1 246982 105374003 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr3 9966836 9967254 419 * Intron (ENST00000245046.7/55831, intron 7 of 7) 55831 ENST00000497557.2 11050 EMC3 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0003674,GO:0005515,GO:0016021,GO:0030176,GO:0032977,GO:0045050,GO:0071816,GO:0072546,GO:0072546 NA chr4 100025669 100025938 270 * Intron (ENST00000507494.6/256880, intron 3 of 4) 256880 ENST00000515026.1 17598 H2AZ1-DT HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr4 100533516 100533874 359 * Intron (ENST00000510657.1/107986233, intron 5 of 5) 51705 ENST00000506323.1 -15494 EMCN HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0005576,GO:0005886,GO:0016021,GO:0061484 NA chr4 100984221 100984813 593 * Distal Intergenic 107986233 ENST00000510657.1 -104095 107986233 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 NA NA chr4 101394991 101395389 399 * Distal Intergenic 55024 ENST00000504592.5 -24572 BANK1 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0005102,GO:0005102,GO:0009617,GO:0032715,GO:0042113,GO:0042113,GO:0043410,GO:0045947,GO:0050731,GO:0050869,GO:0051898,GO:1990782,GO:1990782 NA chr4 101433085 101433380 296 * Intron (ENST00000504592.5/55024, intron 2 of 20) 55024 ENST00000504592.5 13124 BANK1 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0005102,GO:0005102,GO:0009617,GO:0032715,GO:0042113,GO:0042113,GO:0043410,GO:0045947,GO:0050731,GO:0050869,GO:0051898,GO:1990782,GO:1990782 NA chr4 10153009 10153380 372 * Distal Intergenic 9948 ENST00000699798.1 -36037 WDR1 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0002102,GO:0002446,GO:0002576,GO:0005576,GO:0005829,GO:0005886,GO:0005911,GO:0007605,GO:0008360,GO:0030042,GO:0030043,GO:0030054,GO:0030220,GO:0030834,GO:0030836,GO:0030864,GO:0030865,GO:0040011,GO:0042247,GO:0042995,GO:0043297,GO:0045199,GO:0045214,GO:0048713,GO:0051015,GO:0051015,GO:0060307,GO:0070062,GO:1990266 NA chr4 101644850 101645095 246 * Exon (ENST00000652546.1/ENST00000652546.1, exon 2 of 3) 55024 ENST00000428908.5 -145512 BANK1 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0005102,GO:0005102,GO:0009617,GO:0032715,GO:0042113,GO:0042113,GO:0043410,GO:0045947,GO:0050731,GO:0050869,GO:0051898,GO:1990782,GO:1990782 NA chr4 102328069 102328318 250 * Intron (ENST00000424970.7/64116, intron 2 of 11) 64116 ENST00000394833.6 16821 SLC39A8 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0005381,GO:0005384,GO:0005385,GO:0005385,GO:0005385,GO:0005765,GO:0005886,GO:0005886,GO:0005887,GO:0006351,GO:0006355,GO:0006487,GO:0006525,GO:0006824,GO:0006829,GO:0006876,GO:0006882,GO:0006882,GO:0015086,GO:0015087,GO:0015106,GO:0015296,GO:0015698,GO:0015701,GO:0016323,GO:0016324,GO:0030026,GO:0030198,GO:0031090,GO:0042391,GO:0061757,GO:0070574,GO:0071421,GO:0071577,GO:0071577,GO:0071578,GO:0071578,GO:0097079,GO:0097080,GO:0098711,GO:0140412,GO:1990079,GO:1990540 hsa04216 chr4 102982700 102983003 304 * Intron (ENST00000394789.7/150159, intron 3 of 11) 150159 ENST00000510243.5 8709 SLC9B1 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0005886,GO:0006814,GO:0007338,GO:0015299,GO:0016021,GO:0030317,GO:0034220,GO:0051453,GO:0097228,GO:1902600 NA chr4 102991655 102992196 542 * Promoter (<=1kb) 150159 ENST00000510243.5 0 SLC9B1 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 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of 11) 90523 ENST00000514433.1 58238 MLIP HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0000122,GO:0000122,GO:0003714,GO:0005521,GO:0005634,GO:0005635,GO:0005635,GO:0010614,GO:0016605,GO:0016605,GO:0031981,GO:0042383,GO:0042383,GO:0045944,GO:1903243 NA chr6 54316899 54317226 328 * Intron (ENST00000486436.1/27283, intron 2 of 4) 27283 ENST00000370864.3 8326 TINAG HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0000166,GO:0004197,GO:0005604,GO:0005615,GO:0005764,GO:0006508,GO:0007155 NA chr6 54438962 54439324 363 * Distal Intergenic 107986605 ENST00000421465.2 -68991 TINAG-AS1 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr6 54611857 54612088 232 * Distal Intergenic 222584 ENST00000306858.8 -234683 FAM83B HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0004630,GO:0005154,GO:0005515,GO:0005737,GO:0005737,GO:0007165,GO:0007173,GO:0007173,GO:0007173,GO:0008283,GO:0016020,GO:0016020,GO:0019901,GO:0019901,GO:0019901,GO:0036312,GO:0036313 NA chr6 54617742 54618029 288 * Distal Intergenic 222584 ENST00000306858.8 -228742 FAM83B HCT116 h3k9me2 GSE96231 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554236 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr7 35328614 35328923 310 * Intron (ENST00000656715.1/401324, intron 1 of 2) 401324 ENST00000656715.1 14776 401324 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr7 36047053 36047260 208 * Intron (ENST00000446024.1/105375233, intron 3 of 3) 105375233 ENST00000446024.1 17442 105375233 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr7 36993207 36993589 383 * Intron (ENST00000310758.9/9844, intron 16 of 21) 100861514 ENST00000419535.1 -4207 100861514 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr7 37888203 37888437 235 * 3 UTR 51314 ENST00000476435.1 -8380 NME8 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 GO:0005634,GO:0005737,GO:0005737,GO:0005829,GO:0005930,GO:0007275,GO:0007283,GO:0008017,GO:0016607,GO:0030154,GO:0030317,GO:0034614,GO:0036157,GO:0060271,GO:0097225,GO:0097228,GO:0097598 NA chr7 38052594 38052821 228 * Distal Intergenic 6424 ENST00000447200.2 -26899 SFRP4 HCT116 H3K9ME2 GSE96231 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HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr8 39695596 39695909 314 * Intron (ENST00000265707.10/8749, intron 17 of 19) 8749 ENST00000524117.1 10422 ADAM18 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0004222,GO:0006508,GO:0007155,GO:0007275,GO:0007283,GO:0007339,GO:0008237,GO:0016020,GO:0016021,GO:0030154 NA chr8 52914335 52914705 371 * Distal Intergenic 2831 ENST00000674939.1 -24477 NPBWR1 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0004930,GO:0004985,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007268,GO:0008188,GO:0016021,GO:0019222,GO:0038003,GO:0042277,GO:0042923,GO:0043005,GO:0045202 hsa04080 chr8 52986132 52986397 266 * Distal Intergenic 2831 ENST00000674939.1 46950 NPBWR1 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0004930,GO:0004985,GO:0005515,GO:0005886,GO:0005887,GO:0007186,GO:0007186,GO:0007218,GO:0007268,GO:0008188,GO:0016021,GO:0019222,GO:0038003,GO:0042277,GO:0042923,GO:0043005,GO:0045202 hsa04080 chr8 54111947 54112314 368 * Distal Intergenic 10434 ENST00000618914.4 -9930 LYPLA1 HCT116 h3k9me2 GSE96231 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4 of 10) 79776 ENST00000519536.1 6021 ZFHX4 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0008270 NA chr8 76871493 76871747 255 * Distal Intergenic 79776 ENST00000522409.1 21693 ZFHX4 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0000785,GO:0000978,GO:0000981,GO:0000981,GO:0005634,GO:0006357,GO:0008270 NA chr8 76932816 76933363 548 * Distal Intergenic 100422921 ENST00000584629.3 33487 MIR3149 HCT116 h3k9me2 GSE96231 NA NA chr8 77178344 77178849 506 * Distal Intergenic 5828 ENST00000519956.1 -177300 PEX2 HCT116 h3k9me2 GSE96231 GO:0000038,GO:0000038,GO:0000122,GO:0005515,GO:0005778,GO:0005778,GO:0005779,GO:0005779,GO:0006625,GO:0006635,GO:0006635,GO:0007031,GO:0007031,GO:0016020,GO:0016558,GO:0016567,GO:0016593,GO:0016593,GO:0031648,GO:0046872,GO:0048147,GO:0050680 hsa04146 chr8 77179099 77179547 449 * Distal Intergenic 5828 ENST00000519956.1 -178055 PEX2 HCT116 h3k9me2 GSE96231 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